Ausgrabungen haben die Beweise für Befestigungsanlagen in der Jungsteinzeit, in der Bronze-, Latène-, in der römischen und bajuwarischen Zeit erbracht. Der Natternberg befand sich im 12. und 13. Jh. im Besitz des mächtigen Geschlechts der Grafen von Bogen. Zwischenzeitlich wurden Rosenstöcke in den Resten der Wehrmauern angepflanzt, die den Zauber der einst stattlichen mittelalterlichen Burganlage noch verstärken.
Der Natternberg ist über Fußwege von drei Seiten erreichbar, mit dem Fahrrad ausschließlich über den Hauptweg. Der Vorplatz der Burg mit einer schönen Baumsitzbank und Blick auf Deggendorf ist auf einem Forstweg von der Mettenuferstraße aus gut zu erreichen. Aus östlicher Richtung (Natternberg-Siedlung) führt der Schlossbergweg zur Burgruine.
Die Dorfgemeinschaft Natternberg sorgt dafür, dass im Sommer am Wochenende, also Sa und So von 10-19 Uhr die Anlage geöffnet ist (Ostern bis einschließlich September).
