Die Kirche kann neben 13 Rundsäulen, einem Netzgewölbe mit reicher sternförmiger Figuration, einer zweigeschossigen Sakristei, zehn Seitenkapellen mit spätgotischen und barocken Fresken aufweisen. Im Jahr 1680 wurde das Kircheninnere barockisiert und etwa zwei Jahrhunderte später regotisiert.
St. Johannes verfügt über eine beachtenswerte Ausstattung: ein überlebensgroßes Kruzifix (sog. Kolossaler Herrgott von Dingolfing), die lebensgroßen Holzfiguren der beiden Kirchenpatrone seitlich des Hochaltars und ein spätgotisches Glasgemälde mit Darstellung der Geburt Christi prägen das Kircheninnere. Von außen fällt sogleich der 84m hohe Turm mit einem mehr als 4m hohen Kreuz ins Auge.
