Kloster und Kirche dürften den wiederholt in Süddeutschland einfallenden ungarischen Reiterhorden (907 – 955) zum Opfer gefallen sein. Während das Klösterlein nicht mehr errichtet wurde, ging man daran die Kirche wieder in Holz zu erneuern. Im Jahre 1158 wird die Kirche in Rotthalmünster erstmals wieder urkundlich erwähnt. In diesem Jahre schenkt Graf Eckbert III. Von Neuburg eine Leibeigene samt ihren Söhnen an die Kirche der hl.Maria in Münster. Angeblich soll unter Heinrich dem Löwen (1154 – 1180), also gerade etwa zur Zeit der Schenkung des Neuburger Grafen, die Kirche zu Rotthalmünster als einschiffiger steinerner Bau mit flacher Holzdecke neu erbaut worden sein. Der Neubau der Kirche zu jener Zeit kann deshalb als glaubwürdig gelten, da damals eine allgemeine Kirchenbauwut herrschte, die etwa um 1040 bei uns ihren Anfang nahm. Der sog. romanische Baustil war in Übung gekommen und hat die alten Kirchen zum Abbruch gebracht. Der Unterbau des jetzigen Turmes der heutigen Pfarrkirche ist noch romanisch und an dessen Ostseite lassen sich im jetzigen Dachraum der Kirche ältere Dachanschnitte des Schiffes feststellen. Auch die Südmauer des Mittelschiffes soll im unteren Teil aus älteren Quadern bestehen. 1452 wurde die romanische Kirche bis auf den Turm abgebrochen und mit dem Bau des jetzigen spätgotischen, dreischiffigen Gotteshauses in Mittelstellung zwischen Basilika und Hallenkirche begonnen. Die Ausführung des Kirchenbaus erfolgte unter Pfarrer Ägidius Kräl (1459 – 1466), dessen Epitaph an der östlichen Außenseite des Chores angebracht ist. Baumeister war Hans Wechselperger aus Burghausen, dessen Meisterzeichen mit der Jahreszahl der Bauvollendung des Chores 1481 an der Nordwand des Chores angebracht ist. 1733 erfolgte durch den Landshut Hofmaurermeister Johann Georg Hirschstötter die barocke Erhöhung des Kirchturmes mit doppelt gestuftem Kuppelhelm sowie die Erweiterung des nördlichen Seitenschiffes nach Westen. 1836 wurde durch den örtlichen Kupferschmied Georg Oefele die Turmkuppel erneuert. Im Zuge der Restaurierung im Jahre 1897 wurde auch das südliche Seitenschiff verlängert, sodass sich der Kirchturm etwas nördlich außerhalb der Mittelachse erhebt. Ebenfalls in diesem Jahr wurde für die Klosterfrauen ein Oratorium angebaut.
Quelle: Herbert Reinhart
